在 X-Com中：来自深处的恐怖玩家控制了该组织，该组织与试图征服地球的外星怪物作战。成功保护后，X-COM支队旨在确保在海深处进行防御。在这里，大多数枪击事件和任务将在水下或海岸下进行。
该情节讲述了长期以来的火星种族在被摧毁之前是如何派出了一支飞船，该航天器落在了数百万年前的海洋中。最近，海床深处的可怕行动开始发生，由于该政府的政府同意恢复该项目以摧毁外星生物。该动作在2040年展开，玩家将拥有许多具有先进技术和未来设备的角色。
机械师和游戏玩法没有受到影响，只有一些改进，并消除了某些错误和缺陷。图形进行了重大修改，游戏出现在游戏中由于背景音乐和配色方案，最好的阴影，物体和角色的纹理以及正在发生的事情的氛围变得更加沮丧。要完成这项任务，有必要摧毁该领土上的所有异国人，但是这些位置变得更加广泛，其余的对手开始躲在避难所后面，这就是为什么游戏玩家必须在寻找对手的地方梳理该地区的原因。出现了近战武器，而文物仅与更改的名称保持不变。