Secret Agent 将用户代替了著名的忍者的后代Mikage Jin，他从江户时代守护了国家安全。在许多世代中，他的家人在阴影中磨练了他们的手艺，从而继承了传统的忍者与现代间谍方法相结合的技术。金在母亲秘密特工的监视之下度过了多年的成立，现在他完成了他的第一个真正的任务，以渗透到占领学院并调查一系列归因于某人的一系列不寻常的事件，称自己为“飞翔的老鼠”。追求他们的秘密目标。秘密代理人的视觉小说发生在几个分支的情节线上，杜松子关系的关系根据用户的选择而在各种方向发展。主角工作卧底，建立了与各种角色的联系，包括真诚的同学佳能·迈菲尔德（Canon Maifield），纪律严明的骑士Shirogan Kaguru，权威上尉Rendzoye矿山和神秘的初级妇女Amenomori Yui。
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