最黑暗的文件在1956年的战后德国展开，在第二次世界大战的后果和搜寻正义的复杂过程的标志期间。用户加入了年轻的检察官埃丝特·卡茨（Esther Katz），他加入了弗里茨·鲍尔（Fritz Bauer）的特别部队，他被委托调查了许多年前犯下的战争罪。
在这个角色中，游戏玩家将不得不发现隐藏的证据，以一个不想认识自己过去的社会，并面对现在占据主要职位的罪犯。最黑暗的文件提供了历史背景，重点是在历史上的这个转折点上进行个人和公共斗争。在整个标题中，游戏玩家面临需要做出复杂决定的需要，试图将目击者的不同证据和证词汇总在一起。
叙事从几个角度展开，以斯帖提出要查看各种版本的事件，代表目击者。一些证据可能是真实的，有些证据 – 扭曲或故意误导。调查过程充满了困难，因为时间是一个决定性的因素，沉默通常成为建立真理的巨大障碍。调查是非线性的，每个解决方案都有可能影响结果的后果。用户必须利用自己的技能突破沉默的墙壁并揭露谎言，试图为那些避免多年的人恢复正义。