。凯塔（Kaita）迫切希望拯救兽人（Orc），接受了邀请 – 一条手镯赋予了操纵游戏的能力，即神秘的数据流失。
由于这种能力，即“违法”，被游戏的僵化系统拒绝，但与此同时，它被一个被驱逐的用户群所吸引。黑人，神秘的魔术师。米斯特拉尔（Mistral），坚忍的剑客。巴尔蒙（Balmung），一个斧头的暴力战士。他们共同创建了一个不太可能的联盟，进入了“ Mira”的数字景观的开放空间，以揭示兽人命运的秘密以及数据流失的不祥之处。
他们在.hack //感染第1部分中的奥德赛在地牢的迷宫中展开。巨大的故障和难题。每场都使用破坏的数据设计和未经授权的AI打开了令人恐惧的真理灵魂的片段 – 邪恶的力量从内部操纵游戏，从而消除了虚拟与真实之间的界限。当他们面对Helbo时，价格会提高，Helbo是一群具有自己计划的黑客群体，与对这种数字异常的控制作斗争。