系统冲击原始难题包括两个原始部分。这一切都始于事件，当时要求无名的黑客入侵肖丹的人工智能，以换取自由。这将有助于控制城堡站。迭戈（Diego）是在车站进行了实验的测试病毒，这是不可察觉的，这是明显的决定窃取的。之后，它可以以生物武器为幌子在黑市中出售。
如果黑客设法被黑客入侵，那么他将获得军事类型的罕见神经元植入。他设法破解了肖丹并消除了所有限制，此后英雄收到了应许的筹码，并落入了一个6个月大的孩子。通过主角如何在车站醒来，并看到所有机器人都被积极重新配置，并且员工变成了半机械人和怪物，其中大多数人被杀。中心人物了解到，AI很快将使用激光摧毁地球上的大城市。他必须停止袭击，放置大规模破坏的武器。
系统冲击2行动发生在主角设法停止了地球计划之后。第二部分始于2114年，当时Triopticum的Megarporace创建了配备有灯发动机的第一架太空飞机。星舰有权改变时间和空间。自从船只回应救援信号以来，英雄落在了地球上5号地球上。他们下来降落，进入了古老的结构，在那里发现了某些鸡蛋。将它们带到他们的船上后，很快鸡蛋的集体思想感染了船员。外星生物被称为控制生物体的“许多”。