晶体基质始于2123年，当时地球面临最终缺乏能量，这将整个区域浸入了黑暗中。作为回应，人类将力量引导到地球赫拉克勒斯（Garet Hercules），这个世界在这个世界上记录了异常活动。在新的星际系统开发了10年后，支队到达了组织资源生产。该任务立即达到抵抗力：巨型昆虫从攻击工人和采矿综合体的地面上出现，这迫使保护性结构占据位置。
Crystal Matrix中的游戏玩法建立在保护性结构的战术上，以包含昆虫样的对手。玩家应在地图上安排各种塔，然后为它们配备多色的能量晶体，结构的功能依赖。敌对生物沿着指定的路线移到人们的基础，开场我来自竖立的防御工事。
消除这些敌人带来了能量，这是晶体现代化的一种货币，并增强了其力量和行动范围。玩家的主要目标是保护人类基地免于捕获，在所有敌人到达路径尽头之前消除了所有敌人。游戏玩家将不得不将防御秩序适应多种救济和走廊，以攻击许多可用卡片。对于游戏中的每个位置，提供了数十个难度级别。在5种不同的环境中展开园区：沙子，森林，山丘，雪和黑暗区域。