《玻璃杯中的女孩》 始于一个关于萨库汉学院第二年学生的学生希德卡兹（Hidecaz Aketi）的故事。他与父亲住在一起，但他的大部分时间都独自一人，因为他的父亲经常从事商务旅行和商务。当他年轻的时候，他的母亲去世了，但现在春天正在临近，环境绽放，但是萨科克斯之一正在学校掉下来，而奥特基（Aketi）不关注它。
一位朋友和童年邻居卡内卡卡（Kanecaka）的同学告诉主角，春天是新事业的时候。这个女孩有点琐碎，总是充满活力。第二天，由于他睡过了什么，从菲达卡扎（Hidekaza）上学的迟到开始。一路上，他遇到了旧班级Kotomi Harey。她在学校很受欢迎，因为她在第一年，但已经竞选学生会。她报告了那个家伙迟到的人，但是随着时间的流逝，他帮助她关闭了大门，因为Harey的另一个方式看上去，放手，不想惩罚中心亚麻特征。
过了一会儿，Hidekaza遇到了三年级的学生Irohoy Nenegava，他帮助他在高架上获得了一本书。游戏玩法包括角色之间的交流。病房每天都花时间与女孩共度时光，并更多地了解她们，并变得越来越近。该段落是作为模拟器制作的，用户能够访问不同的地方，与英雄进行交流并选择复制品以获取答案，这将影响对话和整体绘制。