事件基因士兵：完美的杀手在遥远的未来展开。由于一场毫不妥协的战争，宇宙被撕裂了，其中最强大的派系是一群遗传改变的生物。创作者赋予他们超级名称和独特的技能。这些士兵捕获了城市和行星，征服了新的维度，并不停地倾听他们的创作者。
研究人员挖掘了新的DNA材料并改善了战士，使其更强大。科学家用更加增强的生物补充了派系的等级。没有一个种族和军队能够阻止遗传战士。战争到达了中心特征的星球，大部分基础设施被摧毁，大部分人口被杀，主角的女儿被绑架了。主角受到突变的影响，也得到了改善，但其创造者未能重新配置心灵。
主角开始使用针对科学家和其他人的力量战士。在渴望报仇的渴望中，他控制了自己的手，敢于穿越6个行星，这些行星遭受了战争。他必须与派系的敌人和奴才战斗，获得遗传材料并不断提高他的能力。在战斗中，他将使用在操作过程中获得的未来武器和超人技能。一名基因士兵的球员将通过其设计，对手和老板穿越6个原始环境。游戏玩家的行动和选举将直接影响情节和结束的进一步故事。